Στην παιδική ηλικία η λοίμωξη συνήθως είναι πρωτοπαθής στον αιδοίο με δευτεροπαθής εντόπιση στο κόλπο, δηλαδή πρώτα νοσεί το αιδοίο και μετά η λοίμωξη μπορεί να επεκταθεί στον κόλπο.
Η σχέση αυτή αντιστρέφεται στην ήβη και μετά την έναρξη σεξουαλικών επαφών, όποτε η αιδοιοκολπίτιδα γίνεται σχεδόν αποκλειστικά δευτεροπαθής.
Η αιδοιοκολπίτιδα οφείλεται σε μικρόβια που συνήθως προέρχονται από το έντερο. Λόγω έλειψης των οιστρογόνων, το δέρμα του αιδοίου των κοριτσιών είναι λεπτό και ευαίσθητο.
Επίσης, η ανατομία της περιοχής είναι τέτοια, που ο πρωκτός είναι πολύ κοντά στον κόλπο και έτσι όταν υπάρχει υπολλειπόμενη υγιεινή, τα μικρόβια μπορούν εύκολα να περάσουν στην ευαίσθητη περιοχή.
Μικροοργανισμοί που προκαλούν αιδοιοκολπιτιδα στα κορίτσια στην παιδική και προεφηβική ηλικία είναι: παθογόνα του ανωτέρου αναπνευστικού, όπως Στρεπτόκοκκοι ομάδας Α ( Str. pyrogenes), ο Haemophilus influenza, μικρόβια της χλωρίδας του εντέρου όπως E. colli, Proteus spp, εντερόκοκκοι, παθογόνα του εντέρου όπως Shigella και Salmonella.
Άλλα παθογόνα που μπορεί να απομονωθούν, είναι χρυσίζων σταφυλόκοκκος, οι μύκητες (μπορεί να απομονωθούν σε κορίτσια προεφηβικής ηλικίας με προδιαθεσικούς παράγοντες, όπως μετά από πρόσφατη χρήση αντιβιοτικών ή όταν υπάρχει υποκείμενο νόσημα π.χ διαβήτης ή στην πρώιμη ήβη).
Τα Χλαμύδια, Τριχομονάδα και Γονόρροια είναι ενδεικτικό σεξουαλικής κακοποίησης και πρέπει να διερευνάται.
Η αιτιολογία αιδοιοκολπίτιδας περιλαμβάνει επίσης:
- Μη ειδικές δερματολογικές βλάβες, όπως έκζεμα και σκληρυντικός ληχήνας.
- Τραυματισμός γεννητικών οργάνων.
- Ξένα σώματα, τότε θα υπάρχει δυσοσμία ή και κολπική αιμόρροια.
- Παράσιτα εντέρου-οξύουρας, πάντα υπάρχει φαγούρα, ειδικά τη νύχτα.
- Ουρολογικά προβλήματα
- Νεοπλάσματα (ραβδομυοσάρκωμα)